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Le prime notizie certe riferite a Morbegno si hanno a partire dall'Alto Medioevo. Si tratta di nuclei sparsi forse facenti capo alla chiesa di San Martino. In quest’epoca diversi centri del comasco e del milanese ambiscono ad assicurarsi basi in direzione delle vie di transito dell'Alta Valle.

 Compaiono così in Valtellina importanti famiglie che, con il passare degli anni, vi prendono dimora. Si forma così una “curtis regia” con la vicina Talamona, creando un primitivo centro economico e amministrativo.

Il nome Morbegno compare - nelle forme primitive di Morbinium, Morbenio e Morbenno - a partire dall' XI secolo.

I nuclei più vicini alla piana acquitrinosa dell’Adda vengono progressivamente abbandonati a favore delle più salutari sponde del Bitto, dove dal XIII secolo Morbegno diventa un borgo fiorente facendo capo alla nuova chiesa di San Pietro (1338-1341) spesso utilizzata anche per assemblee civili.

Nel 1512 i Grigioni occupano stabilmente la Valtellina. Alla comunità Protestante viene ceduta la chiesa di San Pietro. Il governo grigione, anche se non esente da corruzione, lascerà larghi spazi di autonomia alla comunità locale. È proprio in questi anni che Morbegno vive una delle sue stagioni più floride dal punto di vista artistico con il completamento della Chiesa e del Chiostro di Sant’Antonio (oggi centro culturale) e della chiesa della Beata Vergine Assunta (impreziosita dall’icona lignea opera di Angelo Del Majno e di Gaudenzio Ferrari e dalle sculture di Tommaso Rodari), posta al margine orientale dell’abitato.

A seguito della violenta rivolta cattolica del 1620 nota come “Sacro Macello di Valtellina” i Grigioni abbandonano la Valle. Seguono anni segnati dai continui passaggi di truppe, cui fanno seguito le inevitabili carestie e pestilenze. I Grigioni ritorneranno nel 1639, ma, a causa della diminuita conflittualità religiosa, il periodo è più tranquillo.

Alle soglie del Settecento Morbegno vive un periodo di discreta prosperità e, oltre al florido commercio, si assiste alla costruzione di significativi edifici religiosi e civili. Alla fine del XVIII vengono completate: la nuova chiesa di San Giovanni (iniziata nel 1680) con la scenografica facciata, il Palazzo Malacrida e il Ponte di Ganda.

Nel 1797 la Valtellina si unisce alla Repubblica Cisalpina e in seguito rimane nell’ambito degli stati napoleonici, fino all’arrivo degli Austriaci nel 1815. Ad essi si deve la costruzione della strada nazionale che congiunge la Valle con la pianura padana.

Nel 1859 gli Austriaci vengono cacciati oltre lo Stelvio e la Valtellina viene annessa al Regno di Sardegna. Le comunicazioni, che daranno l’avvio allo sviluppo industriale di Morbegno, verranno incrementate tra il 1885 e il 1939 con la creazione della linea ferroviaria e della nuova strada statale che corre a nord del centro storico.

Nel dopoguerra parte considerevole dello sviluppo di Morbegno, che verrà insignita nel 1966 del titolo di “città”, è dovuta al ruolo di grande prestigio assunto dal morbegnese Ezio Vanoni, ministro economico in diversi governi del Dopoguerra.